首先，你提到的待机40-45°C对于i5-12400来说其实属于正常范围，但单烤FPU冲到95°C确实偏高，说明散热效率还有提升空间。不过你的问题很可能不在于硅脂涂法，而在于散热器安装压力或扣具问题。
对于信越7921这种高黏度硅脂，建议采用“五点法”：在CPU顶盖的四角各挤一小点，中心再挤一点，然后直接压上散热器。这种硅脂不需要手动抹平，因为散热器的压力会自然将它压开。你之前尝试的米粒法和X形法理论上也是可行的，但要注意量：米粒大小约等于一颗米饭，太多反而会导致导热不良。
另外，AXP90-X47是下压式散热器，在ITX机箱中效果不错，但在开放式平台或大机箱中可能不如塔式散热器。检查一下扣具是否拧紧，建议用螺丝刀拧到拧不动为止（但不要过度用力）。如果扣具松动，接触压力不足，再好的硅脂也白搭。
最后，确认一下散热器底座和CPU顶盖是否清洁干净，旧的硅脂残留会影响导热。建议用酒精棉片彻底清洁后再涂抹。如果以上都正确，95°C可能还是因为机箱风道不畅或环境温度高，可以尝试打开侧板测试。